アスジャは、外務省の拠出金を受けて奨学生制度を運営してきました。平成21年の「事業仕分け」を受け、平成26年度新たに「アセアン留学生交流等拠出金」が計上され、交流事業は引き続き実施されています。

アスジャは、文部科学省国費留学生を対象に交流事業を実施しています。現在、アセアン10カ国から各国元日本留学生協会が推薦した国費留学生（大学院生、学部生）を、アスジャ国費留学生として採用しています。